История колледжа начинается с образования в г. Чулыме «Сельского профессионально-технического училища №23» 09 декабря 1975 года.
19 октября 1984 года оно было переименовано в «Среднее профессионально-техническое училище №93».
В период 1975-2008 годы училищем руководил Александр Васильевич Лихоманов – Заслуженный учитель РФ, отличник профтехобразования, почетный гражданин Новосибирской области, награжден медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" 2 степени.
10 сентября 2012 года училище получило статус лицея – Государственное бюджетное образовательное учреждение начального профессионального образования Новосибирской области «Чулымский межрайонный аграрный лицей».
В 2023 году лицей получает статус колледжа.