Институт агроэкологии является структурным подразделением ФГБОУ ВО «Южно-Уральский государственный аграрный университет» в статусе его филиала.
В состав ФГБОУ ВО Южно-Уральский ГАУ входит три высших учебных заведения аграрного профиля Челябинской области: Институт ветеринарной медицины (до 30.06.2015 «Уральская государственная академия ветеринарной медицины» - УГАВМ г. Троицк), Институт агроинженерии (до 30.06.2015 «Челябинская государственная агроинженерная академия» - ЧГАА г.Челябинск) и Институт агроэкологии (ИАЭ, село Миасское Красноармейского района).
Обучающиеся этих институтов имеют статус студентов Южно-Уральского ГАУ, а их выпускники с 2016 г. получают государственные дипломы аграрного университета.