Годом основания поселения считается 1619 год, этим годом датируется дозорная книга, которую вели в Тотемском уезде и в ней есть запись о деревне Нюксеница, состоящей на тот момент всего из пяти дворов.
Есть несколько толкований названия «Нюксеница»: кто-то считает, что оно произошло от слова «нюкса», что означает «соболь», которых в окрестностях и впрямь большое количество; кто-то – от слова «нюкша» – «лебедь». Сегодня именно лебедь яывляется символом села Нюксеница.
К наиболее важной странице истории села относится посещение в конце XVII века этих мест Петром I.
Туризм
Туристов в окрестности села Нюксеница привлекает красота Северной природы. Не случайно эти места называют «Русской Швейцарией». К наиболее известным памятникам природы относятся минеральный источник в урочище «Бобровский соляной источник»; геологическое обнажение пермских пород, которые достигаю высоты до тридцати метров, они находятся около деревни Озерки на левом берегу реки Сухоны; заказники Лесютенский, Брусенский и Сельменьгский лес, славящиеся брусникой, клюквенными болотами и большими поселениями бобров.
Еще в окрестностях села Нюксеница обязательна для посещения национальная русская деревня XVI века – Пожарище, где продолжает развиваться такой народный промысел, как вышивка древнерусских орнаментальных узоров, а также славящееся своим домашним пивоварением.
В самом селе Нюксеница интересны для посещения краеведческий музей, находящийся в здании старой школы; Дом культуры, занимающий деревянное здание середины XX века; Центр традиционной народной культуры с кружками, как для детей, так и взрослых, по ткачеству, народной кукле и вышивке, росписи по дереву и берестоплетению. В центре народной культуры туристы могут заказать экскурсии по Нюксенскому району. В 2000 годы в селе Нюксеницы была возведена православная церковь с шатровой колокольней Агапита Маркушевского. Помимо этого в селе Нюксеница есть стадион и физкультурно-оздоровительный комплекс.
Сегодня жизнь села Нюксеница тесно связана с магистральным газопроводом и компрессорной станцией, расположенной здесь, о чем свидетельствует памятник строителям и труженикам газовой отросли.