Музей создан в 1985 году. Музей археологии и этнографии Алтая является учебным подразделением института истории и международных отношений Алтайского государственного университета. На его базе проводятся занятия, реализуется специализация студентов кафедры археологии, этнографии и музеологии. В музее проводится научная работа по описанию и систематизации многочисленных археологических фондов. Коллекции музея по археологии антропологии и палеозоологии востребованы различными специалистами – музеологами, археологами, историками, антропологами, этнографами из России и зарубежных стран.