Учебное заведение основано 10 ноября (22 ноября) 1899 года как фельдшерская школа Олонецкого губернского земства.
Устав школы был утвержден 13 октября 1899 г. Согласно уставу школа содержалась за счёт земства и платы за обучение. На момент открытия в учебное заведение принимались лица мужского пола всех сословий в возрасте от 16 до 21 года. Срок обучения составлял три года. В школу было принято 7 учеников.
В 1910 году учебное заведение переименовали в фельдшерско-акушерскую школу Олонецкого губернского земства с приёмом для обучения лиц обоих полов. Срок обучения для женщин составлял четыре года.
С 1904 по 1931 годы школой руководил выдающийся врач и общественный деятель доктор медицины Исаак Александрович Шиф, имя которого было присвоено учебному заведению в 1929 году.
После Октябрьской революции школа была преобразована в Петрозаводскую городскую рабоче-крестьянскую школу 3-й ступени с медицинским уклоном, в 1920 году — в фельдшерско-акушерскую школу, в 1931 году - в Первый Карельский медицинский политехникум, в 1936 году — в школу медицинских сестёр.
С 1954 года учебное заведение стало называться Петрозаводским медицинским училищем, а с 1 января 1995 года училище было преобразовано в Петрозаводский базовый медицинский колледж.
В колледже преподавали известные деятели медицины: М. Н. Заводовский, М. Д. Иссерсон, К. А. Гуткин, В. А. Баранов, Е. Ф. Луговской, З. М. Иссерсон, Н. Д. Цаль, М. Д. Журавлев, З. И. Толкачева.