Департамент ветеринарии Краснодарского края входит в систему государственной ветеринарной службы Российской Федерации.
Организует деятельность ветеринарной службы Краснодарского края по предупреждению болезней животных, осуществлению контроля за выпуском безопасных в ветеринарно-санитарном отношении продуктов животноводства и по обеспечению защиты населения от болезней, общих для человека и животных, а также отдельные полномочия Российской Федерации в области ветеринарии, передаваемые для осуществления органам государственной власти Краснодарского края.
Является органом исполнительной власти Краснодарского края, уполномоченным в области обращения с животными на территории Краснодарского края, осуществляющим региональный государственный надзор в области обращения с животными в пределах установленной компетенции.