Постановлением Президиума ЦИК СССР от 3 апреля 1930 г. был создан Всесоюзный совет физической культуры (ВСФК СССР) при ЦИК СССР, советы физкультуры в союзных республиках, областях, городах и районах при соответствующих местных Советах. Через семь лет при ВСФК создается водно-моторная секция и через год были подготовлены и утверждены Правила соревнований по водно-моторному спорту, составленные видным специалистом по малотоннажному судостроению, секретарем водно-моторной секции Мосавтоклуба Ю.В.Емельяновым.
В 1959 году Всесоюзная секция была преобразована в Федерацию водно-моторного спорта СССР. Первым президентом ФВМС СССР был Юрий Владимирович Емельянов.
Федерация водно-моторного спорта России является правопреемницей Федерации водно-моторного спорта СССР и объединяет спортивные организации субъектов Российской Федерации. Федерация входит в состав Международного союза водно-моторного спорта (UIM).
Федерация водно-моторного спорта России проводит Чемпионаты, Первенства и розыгрыши Кубка России в 19 классах спортивных судов.