В 1872 г в селе была открыта церковно-приходская школа, в которой обучались только мальчики. Занятия проходили с ноября до Благовещения.
В 1930 г. звонницу разобрали и увезли, а нижний ярус народ отстоял с требованием приспособить помещение под школу.
В 1932 г. святой храм преобразовали в храм науки (семилетку).
В 1939 г. школа получила статус средней.
В 40-е – 60-е годы 20 века в школе учились ребята из Подкуйково, Новокрасино, Баранниково, госпитомника Руднянского района и Меловатки Жирновского района.
В 1950 г. школа преобразована в восьмилетнюю, а с мая 2000 года неполная средняя школа переименована в МОУ основная общеобразовательная.
В 2001 году введена в строй пристройка к зданию старой школы.
В 2010 году школа переименована в муниципальное бюджетное образовательное учреждение Подкуйковская основная общеобразовательная школа Руднянского муниципального района Волгоградской области.
В мае 2014 году школа переименована в муниципальное казённое общеобразовательное учреждение "Подкуйковская основная общеобразовательная школа" Руднянского муниципального района Волгоградской области.
4 декабря 2014 года произошла реорганизация МКОУ "Подкуйковская ООШ" в связи с присоединением МКДОУ "Плодосовхозный детский