Администрация закрытого административно-территориального образования город Железногорск является исполнительно-распорядительным органом местного самоуправления и наделяется Уставом ЗАТО Железногорск полномочиями по решению вопросов местного значения и по осуществлению отдельных государственных полномочий, переданных органам местного самоуправления федеральными законами и законами Красноярского края.