Постановлением Администрации города Мичуринска от 27.03.2006 г. № 558 создано муниципальное учреждение “Дирекция по реализации Программы развития города Мичуринска как наукограда Российской Федерации” для реализации основных и приоритетных направлений научной, научно-технической и инновационной деятельности, экспериментальных разработок, испытаний и подготовки кадров, утверждённых Указом Президента Российской Федерации о присвоении статуса наукограда городу Мичуринску Тамбовской области.
В 2011 г. муниципальное учреждение было преобразовано в муниципальное казённое учреждение “Дирекция по реализации Программы развития города Мичуринска как наукограда Российской Федерации” (МКУ “Дирекция Программы”).