Институт ЕАЭС (полное название – «Автономная некоммерческая организация «Институт изучения проблем развития Евразийского экономического союза») был учрежден 10.10.2010 года как АНО «Институт ЕврАзЭС» и зарегистрирован Министерством юстиции 7 февраля 2011 года. В январе 2015 года он был перерегистрирован в АНО «Институт ЕАЭС» в связи с трансформацией Евразийского экономического сообщества в Евразийский экономический союз.
Учредителями Института являются физические лица – граждане РФ (все – кандидаты или доктора наук), не аффилированные с государственными или бизнес-структурами.
Финансируются проекты Института за счет взносов от доходов учредителей в собственных частных бизнесах, а также за счет грантов, выделяемых для осуществления научных исследований (от Евразийского банка развития, Российского Фонда фундаментальных исследований и других структур), и заказов на аналитические и проектные разработки с последующей реализацией стартапов в самых разных областях интеллектуальной и общественной деятельности.