В 1980 году на основании решения исполнительного комитета Сургутского районного Совета народных депутатов №76 от 22.05.1980 была организована станция юных натуралистов.
Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования МАОУ ДО ЭБЦ распоряжением Администрации города Сургута от 20.06.2017 г. №1022 переименовано в муниципальное автономное образовательное учреждение дополнительного образования «Эколого-биологический центр».
Деятельность педагогического коллектива муниципального автономного образовательного учреждения дополнительного образования «Эколого-биологический центр» на протяжении многих лет направлена на развитие экологической культуры жителей города.
Эколого-биологический центр, совместно с департаментом образования Администрации города, управлением по природопользованию и экологии является организатором проведения городских мероприятий: конкурсов, конференций, слётов, экологических акций. Сформировалось и действует детское общественное движение «Юные экологи Сургута». С 2006 года МАОУ ДО ЭБЦ является опорным образовательным учреждением по развитию муниципальной системы образования в сфере экологического образования.
На МАОУ ДО ЭБЦ создана развивающая экологизированная образовательно-воспитательная среда, обеспечивающая саморазвитие и индивидуальный успех всех участников образовательного процесса.
Организована научно-исследовательская деятельность по изучению и сохранению природных ресурсов Ханты-Мансийского автономного округа – Югры в целом и, в частности, сохранению редких растений и животных нашего региона.
Ежегодно в конкурсах разного уровня победителями и призерами становятся более 300 учащихся. Воспитанники дважды становились обладателями премии для талантливой молодежи, утвержденной Президентом Российской Федерации. Награждались премией Губернатора Ханты-Мансийского автономного округа – Югры, Главы города Сургута. Ежегодно получают стипендию им. А.С. Знаменского. Данные о воспитанниках занесены в энциклопедию «Одаренные дети России». Выпускники выбирают профессии в сфере экологии, биологии, медицины, ветеринарии, педагогики.
Заключено соглашение с Сургутским государственным университетом по сотрудничеству наших образовательных организаций, одним из направлений сотрудничества является обеспечение прохождения производственной и педагогической практики студентами СурГУ на базе МАОУ ДО ЭБЦ.
Общее число обучающихся эколого-биологического центра ежегодно составляет более 1400 человек, с которыми занимаются высококвалифицированные педагоги.
82% педагогов имеют высшее образование, 4 – кандидаты наук, 1- заслуженный учитель Российской Федерации, 2 – заслуженные работники образования Ханты-Мансийского автономного округа – Югры, 8 – имеют знак «Почетный работник общего образования РФ». Доля высококвалифицированных педагогических работников, имеющих первую и высшую квалификационную категории, составляет 90,9%. Восемь педагогов становились победителями окружного конкурса «Лучший педагог (преподаватель) учреждения дополнительного образования детей Ханты-Мансийского автономного округа – Югры».
С 1985 года на базе учреждения работает мини-зоопарк, который с 2000 года принят в действительные члены ЕАРАЗА (Евроазиатская региональная ассоциация зоопарков и аквариумов). Под руководством Московского зоопарка и информационно – методического отдела ЕАРАЗА собирается материал по теме «Содержание и разведение животных в условиях неволи». Регулярно отправляются в Международную племенную книгу данные по содержащимся в мини-зоопарке орланам – белохвостам, которые зарегистрированы в координационном центре в Амстердаме (Нидерланды). Коллекция мини-зоопарка состоит из 209 видов животных, из которых 10 видов занесены в Красную книгу Российской Федерации и 6 видов – в Красную книгу Ханты-Мансийского автономного округа – Югры.