В 1972 году Борогонский музей был создан как районный музей на общественных началах.
В 1980 году решением исполкома райсовета народных депутатов от 6 марта районный музей реорганизован в народный музей.
В 1987 году музею был передан статус филиала Якутского музея истории и культуры народов Севера имени Ем. Ярославского.
В 2020 году решением сессии районного совета депутатов музею присвоено имя крупного общественно-политического деятеля Якутии конца XVIII — нач.XIX вв., головы Борогонского улуса А.И. Аржакова — Сэһэн Ардьакыап. Директор Заболоцкий Дьулустан Михайлович.
Работа музея — краеведческая поисковая деятельность, направленная на воспитание гражданско-патриотических качеств личности, на познание истории своего народа, его истоков, традиций и обычаев.
Основное направление работы — комплектование фонда по коллекциям, создание условий для поддержания сохранности музейных коллекций и предметов, введение документооборота.
Оформление учетной документации ведется по системе комплексной автоматизированной музейной информационной системы «КАМИС», установленной в 2013 году.
На январь 2020 года фонд составляет всего — 17577 единиц хранения. Из них основной фонд — 6924, научно-вспомогательный — 10653.
Музейный фонд включает коллекции по палеонтологии, этнографии, живописи, медицины, образования, спорта, сельского хозяйства, и др.
Филиалы музея:
Тандинский историко-архитектурный музей им. И.П. Готовцева.
Литературный музей-комплекс им. Кулантая.