Арбитражный суд Северо-Кавказского округа был образован в соответствии с Федеральным конституционным законом от 28 апреля 1995 года № 1-ФКЗ «Об арбитражных судах в Российской Федерации» и начал свою работу 18 сентября 1995 года в городе Краснодаре.
Являясь арбитражным судом кассационной инстанции, осуществляет проверку законности судебных актов, принятых Пятнадцатым и Шестнадцатым арбитражными апелляционными судами, арбитражными судами Республики Адыгея (Адыгея), Республики Дагестан, Республики Ингушетия, Кабардино-Балкарской Республики, Республики Калмыкия, Карачаево-Черкесской Республики, Краснодарского края, Ростовской области, Республики Северная Осетия – Алания, Ставропольского края и Чеченской Республики.