Историко-краеведческий музей был создан приказом ректора Барнаульского государственного педагогического института от 24 июля 1992 года.
Ко времени открытия музея учёными вуза уже были собраны значительные по числу и составу коллекции: археологических материалов, предметов культуры и быта народов Алтая, памятников горно-металлургического производства.