В 1636 году на Абалакском погосте по повелению Божией Матери был возведен деревянный храм.
В 1680 году деревянный храм сгорел, и по царскому повелению был построен каменный собор "Знамение" с пятью куполами и четырьмя столпами. В 1750-54 годах собор был перестроен и получил современный облик.
1749-50гг. справа от Знаменской церкви был построен храм Святителя Николая Чудотворца.
В 1752-59гг. была построена колокольня с храмом преподобной Марии Египетской. Храмовый комплекс был построен еще до учреждения здесь мужского монастыря.
В 1783 году по повелению императрицы Екатерины II на месте Абалакского прихода учреждается Знаменский Абалакский мужской монастырь, ради нахождения здесь почитаемой Чудотворной Абалакской иконы Божией Матери «Знамение».
В 1924 году монастырь был закрыт. В советский период на территории монастыря располагался сначала пересылочный лагерь НКВД, где с января по август 1927 года содержался местоблюститель Патриаршего Престола митрополит Коломенский и Крутицкий Пётр (Полянский).
Лишь в 1992-94гг. Свято-Знаменский Абалакский мужской монастырь был полностью передан Тобольско-Тюменской епархии.
Монастырь расположен на высоком берегу знаменитой сибирской реки Иртыш, на расстоянии 30 километров от Тобольска.
Дополняет комплекс построенная в наше время Часовня в честь Новомучеников и Исповедников Российских.
Обитель имеет 2 скита, первый в 100 км. от монастыря в с. Липовка, где родился и начинал свое пастырское служение преп. Мисаил Абалакский. Здесь находится старинный, величественный Богоявленский храм. Основным занятием братии является Богослужение, молитва и развитие подсобного хозяйства, включающее животноводство и огородничество.
Второй скит в честь прпп. Сергия и Германа Валаамских в 12 км. от монастыря, основным занятием братии является Богослужение, молитва и послушание на пасеке.
Монастырь также имеет свой хозяйственный двор и ведет свое подсобное хозяйство.