Высшая школа аэронавигации является основным учебным и научно- методическим структурным подразделением Федерального государственного бюджетного
образовательного учреждения высшего образования «Санкт- Петербургский государственный университет гражданской авиации имени Главного маршала авиации А.А. Новикова» , осуществляющим
обучение по образовательным программам высшего образования - программам магистратуры в тесной интеграции с другими структурными подразделениями Университета, организационную (административную), учебную, научно-методическую и воспитательную работу со студентами и другими категориями обучающихся, а также подготовку и переподготовку научно-педагогических кадров.
В соответствии с приказом Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки от 20 марта 2013 года № 289 Университету предоставлено право реализации основных образовательным программ магистратуры и выдана лицензия на осуществление образовательной деятельности по программам магистратуры по направлениям подготовки 25.04.03 «Аэронавигация» и 25.04.04 «Эксплуатация аэропортов и обеспечение полетов воздушных судов»