Последний сезон в чемпионатах России по футболу ФК «Волга» Ульяновск провёл в 2004 году. Клуб занял 9 место (из 19) во втором дивизионе, зона «Урал-Поволжье».
В феврале 2005 года «Волга» прекратила существование в качестве профессионального клуба. На встрече руководителей федерации футбола Ульяновской области с губернатором региона Сергеем Морозовым было принято решение о фактическом слиянии клуба с ФК «Лада-СОК» из Димитровграда. Одновременно в Любительской футбольной лиге (третья лига российского футбола), зоне МФС Приволжье был заявлен клуб Волга-Энергия (Ульяновск), который занял по итогам сезона 2006 года 3 место и в феврале 2007 получил право вернуться в состав членов ПФЛ и участников второго дивизиона, зона «Урал-Поволжье». При этом клуб как бы разделился на две части. ФК «Энергия» продолжил выступление в любительской лиге российского футбола, а «Волга» — во втором дивизионе. В сезоне 2007 года клуб занял 1 место и перешел в Первый Дивизион. В сезоне-2008 «Волга» заняла 17 место