Эдуард Флёров родился 22 ноября 1966 года в Красноярске.
В 1991 году закончил ЛГИТМиК (мастерская В. Норенко). Работал в театре «АктэМ» и театре Центра Высоцкого. Наибольшую известность принесла роль полковника Гараева в телесериале Алексея Пиманова «Охота на Берию».