Первая школа №12 была открыта для учащихся в Стерлитамаке в 1936 году и являлась начальной школой. В ней насчитывалось 10 классов-комплектов и 439 учащихся.
3 сентября 1963 года было открыто новое здание школы, действующее и сейчас. С 1967 года восьмилетняя школа стала средней.
В 1978 году были закрыты школы №5 и 21 и педагогические коллективы этих школ со своими учениками перешли в школу №12.