Клуб создано в 1960 году под названием «Авангард» и включен в украинскую зону класса «Б» чемпионата СССР. В следующем году переименован в «Десну».
В течении сезонов 1960-1961 ворота команды защищал известный впоследствии мастер Виктор Банников. После того, как 22 октября 1961 черниговцы сыграли 1:1 в товарищеской игре со шведским «Гаммарбю», на которой присутствовал наставник «Динамо» (Киев) Вячеслав Соловков, Банникова пригласили в киевский клуб. В первенстве команда обычно финишировала в середине турнирной таблицы и не боролась за высокие места. Успешным было выступление в Кубке СССР 1965 года, когда черниговцы достались 1/8 финала, переиграв «Горняк» (Кривой Рог), «Авангард» (Желтые Воды), «Шахтер» (Александрия), СКА (Киев), «Шинник» ( Ярославль), «Нефтяник» (Баку). Победное шествие черниговцев остановил казахский «Кайрат» - в Алма-Ате «Десна» проиграла 3:4, но этот успех остался наивысшим достижением черниговцев за всю историю выступлений в Кубке СССР. В следующем сезоне команда