Джон Джонс появился на свет 19 июля 1987 года в Рочестере, штат Нью-Йорк, но все детство провел в городе Эндикотт. В школе Юнион-Эндикотт Джонс занимался борьбой, стал чемпионом школы по борьбе. В колледже Сентрал Комьюнити он продолжил занятия борьбой. Джон Джонс планировал начать карьеру в правоохранительных органах, однако, проведя один семестр в Моррисвиле, он подписывает контракт на четыре боя с UFC .
Дебютный бой Джонса в UFC состоялся 9 августа 2008 года, он победил Андре Гусмао, продемонстрировав неординарную ударную технику. На UFC 94 состоялся второй бой Джона. На этот раз он победил Стефана Боннара единогласным решением судей. В третьем бою Джон Джонс победил Джейкома О' Брайана, этот бой состоялся 11 июля 2009 года на UFC 100. 5 декабря 2009 года на UFC: «The Ultimate Finale 10» Джонс из-за дисквалификации (Джон сделал два запрещенных фронтальных удара локтем) проиграл бой Мэтту Хэмиллу.