Родился 3 июня 1943 года в селе Осино-Лозовка Сампурского района Тамбовской области. В 1967 году окончил Тамбовский педагогический институт, работал учителем русского языка и литературы в школе.
13 июня 1973 года епископом Воронежским и Липецким Платоном был посвящен в сан диакона, а уже на следующий день – в сан пресвитера.
До принятия монашества протоиерей Алексий Медведев совершал священническое служение в храмах Причерноморья, был клириком Алексиево-Акатова монастыря, в последние годы – настоятелем Древне-Успенского храма города Липецка. 19 марта 2000 года по благословению Его Высокопреосвященства митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия протоиерей Алексий Медведев был пострижен в мантию с наречением имени Афанасий - в память преподобного Афанасия Мурманского и Олонецкого.
Две книги он издал при жизни, готовил к печати третью часть своего исторического повествования о 26-ти обителях и 500-х храмах Липецкой земли.
Скончался 18 июня 2001 года. Похоронен на Евдокиевском кладбище.