Кадетская школа-интернат «Навигацкая школа» образована путём преобразования государственного образовательного учреждения общеобразовательной школы-интерната №66 Западного учебного округа приказом Московского Комитета Образования №398 от 07.07.2000 года. «Навигацкая школа» ведёт свою родословную от школы математических и навигацких наук, основанной Петром I в 1701 году.