Действие Darksiders II разворачивается за некоторое время до Апокалипсиса и разрушения Третьего Королевства (Земли). Всадник Война находится в заключении и ожидает суда Обугленного Совета. Когда о подозрениях в предательстве Войны сообщают остальным Всадникам (Смерти, Раздору и Ярости), Смерть решает искупить грехи брата, стереть само преступление — то есть восстановить Третье Королевство.
В поисках способа воскресить Человечество, Смерть отправляется в измерение за пределами трех Королевств, носящее название Вуаль. Здесь живет Хранитель Секретов, у которого Смерть надеется узнать ответы на свои вопросы. Тот соглашается, но с условием — Смерть заберет у Хранителя амулет, в котором заключены души расы Нефилимов — братьев и сестер Смерти. Но Смерть отказывается забрать амулет. После схватки с Хранителем Смерть все же узнает, что ему нужно найти Древо Жизни, чтобы воскресить Человечество. Однако во время схватки амулет разбивается, и его части врезаются в грудь Смерти.
Смерть просыпается в Кузнечных Землях, мире Творцов. Мир их находится в состоянии увядания, но к этому добавилась неведомая напасть — Порча (англ. Corruption). И чтобы добраться до Дерева Жизни, Смерти сначала предстоит расчистить себе путь. Он помогает древним и разжигает пламя и слезы гор, благодаря Карну, одному из древних. Древние создают для Смерти ключ для пробуждения конструктов-механизмов защитников. Один из них говорит что есть самый большой конструкт-Страж, он был создан для уничтожения порчи, но так и не был оживлен. Смерть с помощью Карна оживляют Стража. Однако для оживления Стража, требуется три камня, в которых вложена жизнь древнего. последний из них был заражен порчей и Страж убегает. Cмерть бежит за ним и настигает его на большом поле, где Страж сражается со старейшиной древних. Несмотря ни на что древний выживает, Смерть в свою очередь уничтожает Стража. Древний ценой своей жизни восстанавливает стража и очищает его от Порчи. Страж уничтожает Порчу и умирает сам. Смерть заходит во врата в Древе жизни. Но там его ждет персонаж из прошлого Смерти — Авессалом.
Смерть как и все четыре всадника до службы Совету были — нефилимами, полуангелы-полудемоны. Всех их создала Лилит, помощница Самаэля, демона повелителя. Авессалом был старшим из них и ему хотелось земли для своего народа и он с армией направился в Рай, чтобы захватить его. Но четверо из них, не хотели кровопролития и присягнули на службу Совета. Первым их заданием стало убийство их братьев. Они справляются с заданием и Смерть лично убивает Авессалома. Старшего из нефилимов поглощает Порча и он стал её представителем.
После разговора с Авессаломом, поглощенным порчей, Смерть попадает в Царство мертвых. С помощью торговца Остегота он узнает что человечество можно воскресить с помощью Источника душ. Но сначала нужно поговорить с Костяным владыкой. Смерть вызывает Вечный трон, который переносит два гигантских змея, там он узнает, что не сможет пройти к владыке, если не поговорит с его Советником. Советник требует, чтобы Всадник победил Чемпиона Золотой Арены, чтобы встретиться с королем. Смерть убил чемпиона и встретился с Костяным Владыкой. Тот, в свою очередь, потребовал, чтобы Смерть привел к нему трех лордов-нежить. Первый лорд не сдавался без боя, но Смерть с легкостью его победил. Второй лорд, Вершитель, сам согласился пойти с ним, при условии, что тот поможет ему найти три души, которые не проходили суд мертвых. После того, как Смерть это сделал, перед ним явился Василевс — третий лорд, который предложил встретиться в Псикамероне. Смерть возвращается на арену, где стражи открывают проход туда. Во время встречи с Василевсом оказалось, что тот подчинил себе Эхидну — паука, владеющего собственным царством сумерек. Смерть убивает его, а лорда забирает. Но после выполнения этого задания, Владыка уничтожает души, но разрешает Всаднику пройти Город Мертвых, чтобы найти путь к Источнику душ. В конце своего пути по Городу, Смерть встретил душу Старейшего Ворона, убитого им ранее. Старик