Поселок Кысыл-Сыр образован в 1961 году, изначально представлял собой базовый поселок геологоразведочных экспедиций, в 1974 году преобразован в рабочий поселок.
Поселок Кысыл-Сыр Вилюйского улуса является центром газодобывающей отрасли Республики Саха (Якутия). Приоритетными отраслями экономики муниципального образования являются газовая промышленность, переработка, транспортировка газа.
Поселок Кысыл-Сыр Вилюйского улуса Республики Саха (Якутия) расположен на правом берегу р. Вилюй в 76 км от г. Вилюйска - центра Вилюйского района и 539 км. от г. Якутска - столицы Республики Саха (Якутия)