В далеком 1929 году на месте будущей станции Водогон и поселка с одноименным названием была образована "платформа 181 км".
В 1935 году платформа 181 км была переименована в платформу Водогон.
Осенью 1941 года во время Великой Отечественной войны платформа Водогон стала одним из мест для выгрузки 92 стрелковой дивизии, которая вела ожесточенные бои с немецко-фашистскими захватчиками в районе деревень Петровское, Воробицы, Дуброва.
В 1946 году платформа Водогон была образована в станцию Водогон.
В мае 1951 года при станции Водогон образуется Шарьинский лесопункт. Он становится одним из крупных и самых перспективных лесопунктов в леспромхозе треста "Новгородлес". Уже в 1951 году в лесопункте все работы были механизированы, было организовано две поточные линии. Заготовка леса производилась электропилами, вывозка - узкоколейным паровозом, трелевка - тракторами и лебедками. Имелось два погрузочных крана. С мая по октябрь 1951 года лесопункт дал Родине свыше 14 тысяч кубометров древесины.
1 июня 1951 года - начато строительство будущего поселка Водогон.
В короткий срок построено 16 стандартных одноквартирных домов заводского изготовления. В том же году воздвигались не только жилые дома, но и построены контора, медицинский пункт, баня, прекрасная просторная столовая.
С тех пор поселок ежегодно рос, в нем воздвигались жилые дома и общественные здания, возникали новые улицы.
В августе 1953 года в Шарьинском лесопункте ОРС леспромхоза открыл парикмахерскую.
В 1954 году вскоре после образования рабочего поселка была построена школа, в которой в основном учились дети лесозаготовителей Шарьинского лесопункта.
В 1956 году в поселке было построено 61 одноквартирный и 28 четырехквартирных домов. Работал медицинский пункт, клуб, при котором имелась киноустановка и библиотека, в которой насчитывалось более трех тысяч книг, столовая, общественная баня, магазин, контора лесопункта, школа, общежитие, детский сад.
В каждом доме горел электрический свет, звучало радио.
Поселок Водогон - поселок лесозаготовителей. С образованием Шарьинского лесопункта постепенно строилась Шарьинская узкоколейная железная дорога. Начальный пункт - посёлок Водогон.
Шарьинская узкоколейная железная дорога принадлежала Дрегельскому комплексному леспромхозу. Первый участок узкоколейной железной дороги был открыт не позднее 1950-х годов.
Шарьинская узкоколейная железная дорога была крупнейшей из узкоколейных железных дорог Любытинского района - протяжённость главной линии составляла около 40 километров. На узкоколейной железной дороге первоначально работали паровозы, позднее - различные тепловозы и мотовозы, в том числе ТУ6А, ТУ6Д, ЭСУ2А.
7 декабря 2006 года в деревне Водогон состоялось открытие фельдшерско-акушерского пункта.