История храма насчитывает около 300 лет.
За это время он неоднократно перестраивался. По некоторым данным начало строительства относится к лету 1698 года во время митрополита Авраамия Белгородского и Обоянского. Освящение храма в честь Михаила Архангела было связано с воспоминанием чуда Архистратига Михаила, произошедшего в Колоссах. Возможно, оно связано с именем основателя и первого владельца Борисовки белгородского полковника Михаила Яковлевича Кобелева.
В 1744 году деревянная церковь была перестроена. Но к началу 19 века она вновь начала ветшать. 29 мая 1804 года близ старой деревянной была заложена каменная церковь, архитекторами которой были Мартын Воробьев, Петр Боженов, Масалов. Строительство храма велось на средства прихожан и было завершено в 1811 году. Храм был освящен 21 августа 1811 года. Каменный храм первоначально имел форму квадрата. Со временем число прихожан увеличилось, потребовалось расширять храм. Поэтому в 1865-1867 годах храм реставрировался, были пристроены трапезная часть и колокольня. В 1872 году на колокольне были установлены часы, изготовленные борисовским мастером-умельцем Василием Семеновичем Безсаловым (Марусенком).
В 1911году спустя сто лет после построения каменного здания храма была произведена грандиозная работа по замене иконостаса. Деревянный иконостас был заменен мраморным. Новый иконостас уникальный, единственный в своем исполнении в Белгородской и Старооскольской епархии. Изготовлен мастерами фабрики Соммавила в Харькове. В его архитектуре использованы русско-византийские приемы и формы. Выполнен из мрамора двух цветов – белого с голубыми прожилками и красно-коричневого. С большим мастерством иконостас украшен мелким кружевом искусной резьбы.
О радетелях построения столь уникального иконостаса можно прочитать надпись: «Сооружен в 1911 г. По благословению архиепископа Питирима, усердием прихожан в память священного коронования их императорских величеств государя императора Николая Александровича и государыни императрицы Александры Федоровны, старанием протоиерея Дмитрия Добрынина, свящ. И. Высочинского, ктитора Василия Николаенко, при помощнике его Назарии Степаненко. Освящен в 1911г».
В1848 году при старосте Иване Власовиче Николаенке был вылит колокол в 106 пудов. В 1894году к нему был добавлен еще один – 306 пудовый, отлитый на Валдае.