Джерард Уэй родился в Саммите, Нью-Джерси, в семье Донны Ли и Дональда Уэй. Позже семья переехала в Беллвиль. Он имеет итальянские корни со стороны матери и шотландские по отцу. Впервые он начал петь на публике в четвёртом классе, исполняя роль Питера Пэна в школьном спектакле. Его бабушка по материнской линии, Елена Ли Раш, учила Джерарда петь, рисовать и выступать с самого раннего детства. Джерард был очень удивлён, поняв, что действительно может петь. Позднее Уэй вспоминал: «Она научила меня всему, что я знаю». В школе Джерард не был популярным, имел репутацию «толстого лузера» и был весьма влюбчивым молодым человеком. Однако, одна из девушек, являвшихся когда-то объектом его воздыхания, уехала в Грецию, а вторая и вовсе позировала в откровенных позах для своего парня, что серьёзно расстроило Джерарда, он «Просто плавал в этой яме отчаяния, ревности и алкоголизма»
В 15 лет, по словам Джерарда в интервью журналу Rolling Stone, он побывал под дулом пистолета: «На меня напали с револьвером калибра 357 Magnum, приставили ко лбу оружие и заставили меня встать на колени и завести руки за голову»
После окончания в 1995 году средней школы Белвилля Уэй решил продолжить карьеру в индустрии комиксов. Он поступил в школу визуальных искусств в Нью-Йорке, которую окончил в 1999 году со степенью бакалавра изобразительных искусств.
Уэй боролся с алкоголизмом и наркоманией на протяжении многих лет и с августа 2004 года остаётся трезвым. 3 сентября 2007 года, после концерта в Колорадо, Уэй женился на бас-гитаристке группы «Mindless Self Indulgence»Линдси Баллато. В настоящее время проживает в Лос-Анджелесе, Калифорния.
27 мая 2009 года у пары родилась дочь, Бэндит Ли.