Усть-Кут нередко называют городом с тремя названиями, так как с ним отождествлено три топонима: Усть-Кут (город и аэропорт), Лена (железнодорожная станция), Осетрово (порт).
Поселение было основано в устье реки Куты (от эвенк.кута — «заболоченное место»). Отсюда название — «Усть-Кутский (в старом написании — Усть-Куцкой) острог», позже — село Усть-Кутское. Постепенно в широкий обиход вошло укороченное название села, закрепившееся при смене статусов поселения — «Усть-Кут». При склонении названия ударение не сохраняется и переходит к окончанию: в Усть-Куте́, из Усть-Кута́ и т. д[6].
Этнохороним — устькутя́не (формы мужского и женского рода: устькутя́нин, устькутя́нка). Форма устьку́тцы, нередко используемая иногородними СМИ и закреплённая словарями[7], самими горожанами не используется.
Станция Лена названа по имени реки Лены, восходящему кэвенк. елю эне («большая река»).
Порт Осетрово назван по имени рабочего посёлка, включённого в состав Усть-Кута в 1954 году.