В сентябре 2010 года в СМИ распространилась информация о том, что Елена Захарова выходит замуж. Её избранником стал Сергей Мамонтов, генеральный директор фирмы Systematic Software Solutions (Russia).
В феврале 2011 года у Елены и Сергея родилась дочь Анна-Мария. Но через 8 месяцев девочка умерла от острой вирусной инфекции. Практически сразу после этого Мамонтов и Захарова расстались.
8 декабря 2017 года Елена стала мамой во второй раз, родилась девочка.