В соответствии с решением Курганской городской Думы № 255 от 16 сентября 2009 года «О дате основания города Кургана», датой основания Кургана считается 1679 год. До этого решения датой основания Кургана официально считался 1782 год, когда по указу императрицы Екатерины II Кургану был присвоен статус города. Существуют и другие мнения относительно даты основания Кургана, в частности, рассматривался 1662 год. Журнал «Наука и жизнь» в № 6 за 1978 год, ссылаясь на «Полное собрание законов Российской империи» и упоминания в летописях, называет основанием города 1553 год. Эта же дата зарождения поселения значится и в энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона. По книге «Списки населенных мест Тобольской губернии» выпуска 1904 года, Курган был основан в 1633 году. За свою историю город много раз разорялся кочевниками, выгорал дотла и возрождался заново. С 60-х годов XVII века он постоянно значится в исторических документах.
Считается, что основание поселению положил крестьянин Тимофей Невежин, срубивший себе избу на берегу Тобола, вблизи древних курганов. На живописный берег реки и благодатную землю потянулись первые переселенцы. Вскоре выросли острог и слобода. Первое название — Царёво Городище — поселение получило по Царёву кургану, о котором известный учёный-энциклопедист и путешественник-естествоиспытатель XVIII века Пётр-Симон Паллас писал: «Сим именем называется чрезвычайной величины курган, о коем никакого не осталось предания, и неизвестно, воздвигнут ли оный древними обитателями сея страны, как памятник какого важного происшествия, или как гробница, покрывающая тело какой ни есть знатной особы. Холм сей имеет в окружности около 240 аршин… К южной стороне от великого сего холма лежит к реке еще несколько маленьких, и видны различныя могильныя насыпи… В шести верстах от оного прибыл я в слободу Царёво-Курганскую или Царёво городище, которая своё название от вышеупомянутого должна производить».