Земля, занимаемая Новочебоксарском, имеет древнюю историю. В этом районе археологи обнаружили две стоянки древних людей, относящихся к эпохе каменного века — мезолиту (13,5 тыс. лет до н. э.) и неолиту (4-3 тыс. лет до н. э.). Первая стоянка расположена вдоль левого берега р. Цивиль — бывшее с. Яндашево (ныне в черте города), вторая — выше устья р. Цивиль на берегу Волги (д. Иваново).
Курганы бронзового века имеются при селениях Юраково, Банново (ныне в черте Новочебоксарска). Селище бронзового века было у с. Яндашево.
По археологическим данным, по р. Большой Цивиль чувашские селения стали появляться ещё с X в. — времени образования Волжской Булгарии. В XIII—XIV вв. шло сплошное заселение бассейна Большого и Малого Цивилей булгаро-чувашами.
Новочебоксарск начали возводить в 1960 году в связи со строительством химического комбината. Разрастаясь, он вбирал в себя окрестные деревни — Банново, Ельниково, Яндашево, Анаткасы, Цыганкасы, Иваново, Чедино, Юраково и др. Днем рождения города принято считать 18 ноября 1960 года. 27 декабря 1971 года Президиум Верховного Совета РСФСР издал Указ «Об отнесении города Новочебоксарска Чувашской АССР к категории городов республиканского (ЧАССР) подчинения)». 27 сентября 1965 г. на основании Указа Президиума Верховного Совета РСФСР Новочебоксарск получил статус города.
Город строился и расширялся очень быстрыми темпами. Уже в 1978 году состоялся митинг, посвящённый вводу первого миллиона квадратных метров жилья, ещё через пять лет, 29 октября 1983 года, родился стотысячный житель.