Какаши является сыном Легендарного Белого Клыка Конохи, Сакумо Хатаке. Когда Сакумо покончил с собой, Какаши принимает решение строго следовать всем правилам шиноби. В частности, это касалось успешного выполнения миссии, чем спасение товарищей. Какаши попадает в Команду Минато, состоящую из молодых шиноби: Нохара Рин и Учиха Обито. Лидер команды - Намикадзе Минато.
Третья Мировая война Шиноби
В 13 лет Какаши становится Джоунином. В честь этого Рин дарит Какаши аптечку, Минато - специальный кунай. В то время шла Третья Мировая Война Шиноби. Команда Минато получает миссию проследить за врагом. Во время схватки с врагом Какаши был серьёзно ранен в плечо. Минато назначает Какаши командиром на день и отправляется на схватку с врагом, оставив команду под присмотром Какаши.
Во время второй схватки Рин была похищена шиноби из Ивагакуре. Обито предлагает отправиться за Рин, но Какаши считает, что завершение миссии важнее. Далее Какаши изменяет своё мнение и в стычке с врагом жертвует своим левым глазом, чтобы защитить Обито. Растроганный этим поступком, Обито пробуждает Шаринган и убивает врага. Им удаётся спасти Рин, но враг обваливает на них пещеру. Обито спасает Какаши, но сам попадает под валун. Когда Какаши и Рин очнулись после обвала, они видят Обито, правую часть тела которого завалило камнем. Какаши упрекает себя в том, что сразу не послушал Обито. Но Обито говорит, что всё в порядке и Какаши отличный Шиноби. В качестве подарка Какаши в честь получения звания Джоунина Обито отдаёт свой уцелевший левый Шаринган.
Перед смертью Обито просит Какаши защитить Рин. Какаши даёт обещание. Приближается вражеское подкрепление. Какаши и Рин бросают Обито и убегают. Какаши говорит Рин, что Обито отдал за неё жизнь и он любил Рин. Минато подоспел к своей команде позже, когда Какаши уже победил всех с помощью Райкири.
Также известно, что Какаши не смог сдержать своего обещания, данного Обито. Рин похитили и превратили в Джинчуурики Исобу шиноби Скрытого Тумана. Они даже дали Какаши без особых проблем освободить ее, и выслали для виду якобы отряд АНБУ для их преследования. Скрытый Туман хотел освободить Санби уже в Конохе и использовать его ярость, чтобы напасть на Лист и уничтожить его. Вскоре Рин поняла, что является опасностью для родной деревни и просила Какаши убить ее. Последний не решился на это, однако когда он отбивался от шиноби Киригакуре, Рин специально подставилась под его Райкири, чтобы умереть. Какаши после этой трагедии пробуждает в левом глазу Мангекьё Шаринган, а затем обессиливает. Позже его и тело Рин забирает подкрепление из Конохи. После предложения Минато, он становится членом АНБУ Конохи, но потом покидает эту организацию и берется обучать молодых выпускников Академии Шиноби.
После войны
Продолжительный период времени Какаши искал команду, которую он мог бы тренировать. В основе его поисков лежала первая тренировка выпускников Академии.
Ни одна команда, до появления команды №7 не прошла первое испытание, а значит, все они были возвращены в Академию Ниндзя. Так было до того, пока очередная партия выпускников в лице Наруто, Сакуры и Саске не была передана под его руководство.